سازمان‌های عمومی مسلمانان متعددی در قلمرو قرقیزستان وجود دارد که با جوانان کار می‌کنند و فعال‌ترین آنها «اَدِپ باشاتی»، «متکلم»، «آق جولوق آجاری» و «ایمان باقیت» هستند. برخلاف مساجد رسمی و مؤسسات آموزشی اسلامی، سازمان‌های عمومی مسلمان در فعالیت‌های خیریه فعال هستند و کمک‌های بشردوستانه و اجتماعی به مردم ارائه می‌کنند.

بنیاد عمومی «اَدِپ باشاتی» در سال 2003 توسط جمعی از فارغ‌التحصیلان دانشگاه‌های قاهره و الازهر مصر تاسیس شد و امروزه یکی از فعال‌ترین بنیادهای عمومی است. ستون فقرات رهبری این بنیاد فارغ‌التحصیلان دانشگاه‌های مذکور هستند که به مؤلفه ملی در آموزه‌های اسلام و ارزش‌های آن اهمیت زیادی می‌دهند. فعالیت‌های بنیاد منحصراً ماهیت اجتماعی دارد. این بنیاد هم در میان جمعیت مذهبی و هم در میان جمعیت سکولار کار می‌کند. خیریه شامل پرداخت کمک هزینه تحصیلی به دانشجویان با استعداد از خانواده‌های فقیر، کمک‌های بشردوستانه به سالمندان، کنسرت‌های خیریه، جمع‌آوری کمک‌های مالی برای تعمیر مدارس و مهدکودک‌های سکولار و سیستم‌های آبرسانی در روستاها است. این بنیاد با مردم، ساختارهای تجاری، سازمان‌های دولتی و روحانیون رسمی ارتباط برقرار کرده است. «اَدِپ باشاتی» در تمام استان‌های قرقیزستان به جز استان‌های تالاس و نارین فعالیت می‌کند. این بنیاد با کمک‌های خیریه نمایندگان تجارت میانه ​​محلی تأمین می‌شود.

https://www.facebook.com/adepbashaty

https://www.instagram.com/adep_bashaty_bishkek/

انجمن عمومی زنان ترقی‌خواه «متکلم» از سال 1999 وجود دارد که توسط 12 فعال زن تأسیس شده و توسط خانم جمال فْرونْت‌بیک قیزی اداره می‌شود. این سازمان که هدف آن گسترش اسلام است، برنامه‌هایی را در زمینه حقوق زنان، مسائل خانوادگی، همکاری با آژانس‌های سازمان ملل متحد در زمینه خشونت خانگی، مشکلات خانوادگی، اچ‌آی‌وی و ایدز اجرا می‌کنند. شعبه‌های این انجمن در تمام استان‌های قرقیزستان فعالیت می‌کنند. از سال 2003 سازمان غیردولتی «متکلم» با زنانی که در حال گذراندن دوران محکومیت خود در زندان روستای سْتِپْنویِه هستند، کار می‌کند. هفته‌ای یک بار کلاس‌های دوره‌های آموزشی مختلف برای دختران برگزار می‌شود. در سال 2007 این سازمان کمک قابل توجهی در حل مشکل عکاسی از زنان با روسری برای شناسنامه و گذرنامه کرد و در سال 2009 چندین میزگرد در مورد حق استفاده از روسری برای دختران در مدارس برگزار نمود. در سال 2008 به همراه جمعیت هلال احمر دوره‌های کامپیوتر و خیاطی را برای دختران برپا کرد. بودجه سازمان غیردولتی «متکلم» عمدتاً از طریق صدقات و کمک‌های بلاعوض از سازمان‌های بین المللی مثل صندوق جمعیت سازمان ملل متحد تامین می‌شود. این انجمن عمومی برای دستیابی به اهداف خود آماده همکاری فعال با نهادهای دولتی و سازمان‌های بین المللی است.

http://mutakallim.kg/%D0%B3%D0%BB%D0%B0%D0%B2%D0%BD%D0%B0%D1%8F-%D1%81%D1%82%D1%80%D0%B0%D0%BD%D0%B8%D1%86%D0%B0/

https://www.instagram.com/mutakalim_women/

https://www.facebook.com/PPAW.Mutakalim/

بنیاد اجتماعی زنان «آق جولوق آجاری» از سال 2008 در بیشکک فعالیت می‌کند و عمدتاً از بانوان تشکیل شده است. هدف از فعالیت‌های این بنیاد دعوت به اسلام، کمک‌های مادی به یتیمان، خانواده‌های پرجمعیت و بیماران است و همچنین کمک به مدرسه محلی ارائه می‌کند. نمایندگان این بنیاد منبع اصلی تامین مالی خود را مشخص نکردند، اما گفتند که آماده همکاری با سازمان‌های دولتی و بین‌المللی در چهارچوب مجاز اسلام هستند.

https://www.facebook.com/akjooluk.kg/

https://www.instagram.com/akjoolukajary/

بنیاد اجتماعی «ایمان باقیت» از سال ۲۰۰۰ در شهر اوش فعالیت می‌کند. بنیانگذاران این بنیاد 11 عضو آن هستند و رئیس آن تالانْت‌بیک آلْماتوف است. هدف این بنیاد که در سه استان جنوبی کشور فعالیت می‌کند، نشر ارزش‌های اسلام در بین مردم از طریق فعالیت‌های آموزشی است. ترکیب بنیاد چندملیتی بوده و شامل روس‌ها و تاتارها است و 80 درصد اعضای آن زن می‌باشند که به فعالیت‌های خیریه در قالب جمع‌آوری و توزیع لباس بین فقرا مشغول هستند. این بنیاد از طریق صدقات، حق عضویت و کمک‌های مالی از صندوق جمعیت سازمان ملل متحد تامین می‌شود و با سازمان‌های بین المللی، دانشگاه‌ها، ادارات شهری و بخشی وزارت آموزش و علوم، مفتیات و قاضیات قرقیزستان همکاری می‌کند.

https://www.facebook.com/yimanbakytkoomu/

https://www.instagram.com/yimanbakytkoomu/

سازمان‌های مذکور محلی هستند، اما فعال‌ترین کار در بین جوانان توسط نمایندگی‌های مؤسسات خیریه عربی مانند الوقف الاسلامی، السلام، السنابل، مجمع جهانی جوانان مسلمان و درخواست بین‌المللی انسانی انجام می‌شود که از تحصیل دانشجویان در دانشگاه‌های پیشرو قرقیزستان حمایت و دروس تکمیلی برای آنها در اردوها برگزار می‌کنند.